Аста и его лучший друг, Юно, сироты, выросшие в приюте. В один день они оба начинают свою тренировку в Волшебном Ордене, чтобы стать магами. У них есть разные цели: Юно хочет стать Волшебным Королем, а Аста хочет доказать всем, что даже без магии он может быть сильным.

Однако, когда они получают свои первые магические книги, которые содержат заклинания для использования магии, Аста обнаруживает свой особый меч, известный как "Меч Короля Магов". Этот меч способен отменить любую магию, что делает его мощным оружием против магов врагов.

Аста присоединяется к Черному Батальону, специальному подразделению Волшебного Ордена, чтобы противостоять врагам Королевства Кловер. Он и его команда избранных магов сражаются против могущественных и опасных врагов, чтобы защитить королевство от угрозы. В ходе своих приключений Аста встречает разных союзников и противников, раскрывая многочисленные тайны и загадки, связанные с его происхождением и возможностями его меча.

Черный клевер - это история о дружбе, доблести и стремлении преодолеть свои ограничения, а также о том, что истинная сила не всегда зависит от магической способности.